Het tweede tekenfilmseizoen van G.I. Joe: A Real American Hero door Sunbow telde veel minder afleveringen dan het eerste seizoen, maar opende wel met een vijfdelige miniserie: Arise, Serpentor, Arise. Als introductie van het speelgoed van de vijfde G.I. Joe speelgoedreeks, werd seizoen 2 uitgezonden in de Verenigde Staten van 15 september 1986 tot en met 20 november 1986.

Het Cobra leger lijkt verslagen, de Joes verliezen hierdoor motivatie en scherpte. Als Cobra toch terugslaat, en de Joes de aanval ternauwernood overleven, worden zij naar het kamp van Sergeant Slaughter gestuurd. Ondertussen is Cobra naarstig op zoek naar rustplaatsen van 's werelds oude heersers en strijders. Wat zijn de Cobra's van plan?

Rating: 3 sterren
8 stemmen

Lady Jaye en Flint gaan undercover naar een grote Cobra basis. Ze moeten alles op alles zetten om Cobra er van te weerhouden een wapen in werking te stellen dat in staat is de grootste tsunami's op te wekken.

Deze aflevering is door Bridge Kids op een Nederlands ondertitelde DVD uitgebracht.

Rating: 3.4285714285714 sterren
7 stemmen

Zarana vermomt zich om computerspecialist Mainframe te misleiden. Als gevolg daarvan worden de Joes aangevallen door hun eigen materieel. Ondertussen bloeit er iets moois op tussen Zarana en Mainframe.

Deze aflevering is door Bridge Kids op een Nederlands ondertitelde DVD uitgebracht.

Rating: 2.4444444444444 sterren
9 stemmen

Wanneer Hawk's oude vriend Admiraal Lattimer het niet kan verkroppen dat zijn oude marineschip naar de schroothoop moet, sluit deze zich aan bij Cobra. Moeten de Joes zich wapenen tegen een nieuwe vijand?

Deze aflevering is door Bridge Kids op een Nederlands ondertitelde DVD uitgebracht.

Rating: 3.1428571428571 sterren
7 stemmen

Tijdens een missie in Thailand ontmoeten de Joes een groep straatkinderen over wie zij zich ontfermen. Als Cobra aan de winnende hand lijkt, zijn het de kinderen die het verschil maken!

Deze aflevering is door Bridge Kids op een Nederlands ondertitelde DVD uitgebracht.

Rating: 3 sterren
6 stemmen

Wanneer een weeshuis tijdens een gevecht wordt verwoest, besluiten de Joes een nieuw huis te bouwen. Ondertussen neemt Shipwreck de taak op zich om de weeskinderen bezig te houden met een nogal dwaas verhaal!

Deze aflevering was onderdeel van het Panini stickeralbum en werd door Bridge Kids op een Nederlands ondertitelde DVD uitgebracht.

Rating: 4.7142857142857 sterren
7 stemmen

Als Lifeline het leven redt van een ondernemer, wordt diens dochter Bree verliefd op de Joe. Cobra ziet zijn kans schoon om de Joes aan te vallen met behulp van de vele cadeau's die Bree aan Lifeline geeft.

Deze aflevering is door Bridge Kids op een Nederlands ondertitelde DVD uitgebracht.

Rating: 3.25 sterren
4 stemmen

Cobra organiseert een televisiemarathon met als doel zoveel mogelijk geld in te zamelen voor een computervirus. Als het eindbedrag van 5 miljard dollar bereikt wordt, is het virus in staat om de computers van Interpol te vernietigen.

Deze aflevering is door Bridge Kids op een Nederlands ondertitelde DVD uitgebracht.

Rating: 4.4 sterren
5 stemmen

Leatherneck ontvangt een uitnodiging voor een ceremonie op een militaire academie, die in werkelijkheid jonge cadetten klaarstoomt voor dienst van Cobra. Leatherneck ontmoet ook een vervelende oude bekende.

Deze aflevering is door Bridge Kids op een Nederlands ondertitelde DVD uitgebracht.

Rating: 3.8333333333333 sterren
6 stemmen

Cobra ontvoert diverse beeldschone jongedames, waaronder Low-Light's zus Oona. Moeten zij dienen voor het bizarre schoonheidsexperiment van Madame Vail?

Deze aflevering is door Bridge Kids op een Nederlands ondertitelde DVD uitgebracht.

Rating: 2.8333333333333 sterren
6 stemmen

Mutante dieren nemen Iceberg gevangen als hij tot de ontdekking komt dat deze beesten deel zijn van een nieuw Cobra leger. Is Iceberg nu het volgende slachtoffer?

Deze aflevering is door Bridge Kids op een Nederlands ondertitelde DVD uitgebracht.

Rating: 3 sterren
5 stemmen

De internationale geheimagent Matthew Burke sluit zich aan bij de Joes om te voorkomen dat Cobra een dodelijk gas in handen krijgt. Flint is, om meerdere redenen, achterdochtig over Burke's motieven.

Deze aflevering is door Bridge Kids op een Nederlands ondertitelde DVD uitgebracht.

Rating: 3.1666666666667 sterren
6 stemmen

Cobra steelt het verjongingsserum van Madame Versaille. De Joes gaan undercover in een schoonheid spa waar zij veranderen in zevenjarigen en bejaarden. Moeten zij in deze toestand de Cobra's tegenhouden?

Rating: 3.2 sterren
5 stemmen

Doctor Mindbender verzekert zich van de diensten van de gehandicapte geleerde Jeremy Penser. Zijn taak is het repareren van Cobra's nieuwe wapen, de Voltronic Galaxider. Als beloning zal Cobra ervoor zorgen dat hij weer kan lopen. Het is aan de Joes en Penser's broer Timothy om hem te stoppen voordat het wapen klaar is.

Rating: 2.4285714285714 sterren
7 stemmen

Serpentor verzamelt kunstschatten van personen die zijn DNA vormen. Wanneer Leatherneck hem in een ondergelopen wapenmuseum in Nederland wil stoppen, zweert Serpentor wraak en infecteert de Joe met een giftige pijl. Lifeline en Wet Suit zetten hun leven op het spel om het tegengif te halen.

Rating: 3.8 sterren
5 stemmen

Zowel G.I. Joe als Cobra ondernemen een diepzeemissie om de gezonken USS Flagg te bergen, maar eenmaal in het wrak worden zij gevangengenomen door een krankzinnige ex-kok van Cobra! 

Rating: 3.5 sterren
4 stemmen

Om een moordenaar te vinden die sterk genoeg is om Serpentor te vernietigen, organiseert Cobra Commander een gevechtstoernooi. Sergeant Driller onderschept de uitnodiging van Wet Suit voor dit toernooi, en neemt zelf deel.

Deze aflevering was onderdeel van het Panini stickeralbum.

Rating: 3.8571428571429 sterren
7 stemmen

De Joes en Cobra's komen tijdens een gevecht geheimzinnig in het oude Griekenland terecht, alwaar zij worden aangezien voor goden. Een mysterieuze kegel, die ze terug kan zenden naar de normale tijd, wordt nu gezocht door beide kanten.

Rating: 2.8 sterren
5 stemmen

Als Hawk naar een conferentie gaat, ziet Cobra zijn kans schoon en hackt de computers van Defensie. Hierdoor worden Lifeline, Shipwreck en Dial-Tone gepromoveerd tot kolonel. Onder hun leiding gaat het mis, en Cobra maakt gebruik van de chaos.

Deze aflevering verscheen op de Nederlands gesproken VHS als Het grote gevaar.

Rating: 3.4 sterren
5 stemmen

Mindbender heeft de Somulator bedacht, een apparaat dat de Joes de ergste nachtmerries bezorgt. Tot groot plezier van de Cobra's, beïnvloedt dit op een negatieve manier de prestaties van de Joes. Low-Light kan wellicht uitkomst bieden.

Deze aflevering verscheen op de Nederlands gesproken VHS als Dromen zijn bedrog.

Rating: 2.25 sterren
4 stemmen

Mindbender kan met zijn speelorgel de emoties van de Joes bedienen, nèt op het moment dat zij naar de bruiloft van Lifeline's zuster gaan. Hier heeft Mindbender's plan het grootste effect.

Rating: 1.5 ster
6 stemmen

Leatherneck, Dial-Tone en Wet-Suit gaan naar een nachtclub die in werkelijkheid een Cobra raket is. Als deze gelanceerd wordt, zijn alle inzittenden in één klap gegijzeld.

Rating: 1.4285714285714 ster
7 stemmen

Cobra wordt ervan verdacht een experimentele stealth te hebben neergehaald. Terwijl de Joes zoeken naar de piloten, protesteert Cobra tegen de beschuldigingen in de talkshow Twenty Questions van Hector Ramirez.

Deze aflevering verscheen op de Nederlands gesproken VHS als Geen schijn van kans.

Rating: 3.2 sterren
5 stemmen

Als Dial-Tone uit het Joe team ontslagen wordt, gaat hij zonder dat hij het doorheeft aan de slag voor een bizar Cobra project. Het doel: een afschrikwekkend monster uit de ruïnes van Destro's kasteel lokken!

Deze aflevering verscheen op de Nederlands gesproken VHS als Vloek der voorvaderen.

Rating: 3.2 sterren
5 stemmen

Als Slipstream en een vrouwelijke Strato-Viper neerstorten op een verlaten eiland, worden zij overspoeld met BAT's en een verschrikkelijk monster dat het tweetal dwingt om samen te werken.

Deze aflevering verscheen op de Nederlands gesproken VHS als In de nabijheid van de vijand.

Rating: 3.2 sterren
5 stemmen

Cross-Country is woedend als zijn radio wordt gestolen, maar nadat hij de andere Joes hiervan beschuldigt, komt hij erachter dat de spullen van alle Joes door vreemde kleine robots worden ontvreemd. Hij gaat op onderzoek uit!

Deze aflevering verscheen op de Nederlands gesproken VHS als Als ratten in de val.

Rating: 3.6666666666667 sterren
6 stemmen